在员额制改革初期，便有研究者对员额制改革能否收获预期效果提出了疑问。法官遴选机制未必能实现法官精英化目标、员额制资源的稀缺可能造成人才流失、加重案多人少矛盾等问题。
在员额制改革实施完成后，部分改革者意料之外的问题也开始逐渐浮现：“法官员额制改革的推行，在初步实现入额法官的专业化和精英化的同时，也带来了包括‘案多人少’‘诉讼效率下降’‘办案法官不堪重负’等一系列问题”“整体而言，司法机关员额制改革实践中的问题主要还是集中在出、入员额标准不统一，‘去行政化’不彻底，监督配套制度不完善这三个方面。”
具体而言，司法员额制改革存在的不足主要有以下几点：
一、办案压力未得缓解。员额制改革的目的之一在于，确保法官数量与案件数量相匹配，改变此前人案失衡、忙闲不均的状况，并通过优化审判资源配置，切实减少法官事务性工作负担。但就目前来看，员额制改革实施后，法官的办案压力未得缓解。以某法院为例，2016年、2017年两年的结案数量和结案率变化不大，办案法官人数大幅度减少带来的结果是人均结案量的陡然增加，人均结案量从144.90件上升至296.56件，增加了一倍。员额制改革后法官办案固然以“一审一助一书”的团队模式进行，能够提高办案效率，部分减轻法官负担，但办理案件绝对数量的增加却是不争的事实。
办案压力来源于三个方面：其一，本就案多人少的局面更加凸显；其二，立案登记制所带来的新的压力；其三，院、庭领导入额带来的隐形压力。还有研究者指出，“法官员额的大幅削减对一线司法活动带来了一系列新的压力与挑战。主要体现为法院案件量的持续增长、一线法官数量减少所造成的人案比例冲突、审判组织重构以后法官受案范围的多元化。”
此外，未入额法官在身份转变为法官助理后，其办案积极性也有待考量。“基层法院员额制改革取得了不错成效，但是也存在一定负面影响。一方面是进入员额的法官数额较少，另一方面是没有进入员额的法官只能作为法官助理，不能继续独立办案，不仅使基层法院的整体审判力量减少，而且存在协助法官办案的积极性不高的情况。这样，就使基层法院的审判力量实际减弱，进入员额的法官负担大大加重，即使审理了更多的案件，也仍然是积案较多，给审判工作造成影响。”
二、部分基层院员额缺口难以填补。在员额制改革后，基层法院、检察院的员额入额来源主要有二，一是本院招录的法官助理或检察官助理在达到条件后入额；二是上级院法官助理或检察官助理下放至本院入额。然而，以上两种入额途径在现实中的运转却并不通畅。
就第一种途径而言，部分基层法院、检察院因现实条件所限，存在无法通过公务员考试招录足额的法官助理、检察官助理的情况。例如，某基层检察院2016年—2017年连续2年因报名人数达不到开考比例而取消部分岗位，2018年—2020年连续3年因编制不足的原因未能录用新公务员。
就第二种途径而言，或是受“猛将必发于行伍，宰相必起于州郡”理念的影响，改革者要求所有法官或检察官助理均要在基层院入额。这一制度设计的目的在于使各个层级的法官、检察官都具备丰富的基层经验，能够妥善处理各类案件。但值得考虑的是，工作单位的调动往往会对法官助理、检察官助理的个人生活造成较大影响，不同层级法院、检察院对司法人员的能力需求也不尽相同。
基层入额这一制度上的理想设计，在现实中亦受到了一定程度的排斥。截至2020年底，某省 16 家中级法院中仅有 4 家中级法院连续三年实施了中院助理到基层法院入额机制，其他中级法院多持观望态度，未有实质性开展；二是该机制的实施效果并不理想，除个别中院外，报名人数与入额人数呈现“双低”现象，其中还不乏多方协调的“半强制性”报名参与。
与之相对应的是，现实中基层法院法官流失问题也较为严重。有研究者发现，经济社会发达地区和偏远落后地区法官最易流失，且从流失人员的构成表
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