朱载坖就不信了，自己手握五十万两巨资，还整不出来一支像样的水师。朱载坖和俞大猷等人商量了起来，先拿出二十万两，十万两用于整顿船厂和修造各种快船，另外拨付十万两，用于直接用民间采购福船和广船，充实浙直水师。
同时，针对浙直水师分散的现状，朱载坖认为应当设立提督浙直等处水师军务总兵官事兼领海盗、缉私这一职务，将浙直两地的水师都集中起来使用。
快船、小船，用以近海防御，远洋福船、广船用以远海巡弋，防备倭寇。朱载坖的本意是集中浙直的水师，统一使用。
但是戚继光和俞大猷都不同意这样的做法。原因也很简单，现在水师地位低下，尽管按照朱载坖的设置，这个提督浙直军务，也是总兵，但是在戚继光等人看来，这个水师提督的成色，是远远不如镇守一地的总兵重。
同时，现在大明水师的任务还仅仅是在近海扫荡倭寇，没有远洋作战的需求，由于现在的通讯手段，提督两地水师，根本没有办法作出迅速的反应。
这点确实是个问题，不过朱载坖要做的是将水师独立成军，加强水师的地位，所以朱载坖和两位总兵商量了之后，决定在浙江和南直隶将所有的水师编为一协，称为南直隶、浙江镇左协，本来按照朝廷规定，一协的主官是副将，但是朱载坖为了加强水师的地位，水师左协都有由总兵兼任。
这样的话，总兵的权力就大为增加了，除了总兵直辖的中军和中协外，还将水师也直接纳入镇守总兵的管辖范围。
同时朱载坖还要求俞大猷等人制造五十条万石以上载重的沙船，用以运送军粮等物。同时也是试办漕粮海运的准备。
和两位总兵谈完之后，朱载坖回头准备向嘉靖上密疏。
在密疏中，朱载坖详细说明了自己最近的各种行为，同时将自己的看法对嘉靖阐述了一下。
朱载坖认为现在海禁还是必须的，原因也很简单，即便是现在大明开放海禁，朝廷也无法从中获利。大明现在的情况，连个商税都征收不到，还谈什么关税呢？所以一旦真的放开海禁，得利的绝对不会是朝廷，而是这些依靠走私赚取巨额利润的黑心商人。
朱载坖所以建议，在朝廷没有建立起可靠强大的水师之前，坚持海禁，同时与王直合作，通过王直由朝廷直接赚取贸易的巨额利润，利用王直剿除倭寇，打击其他的走私商人，给朝廷发展水师赢得时间。
对于王直其人，朱载坖认为他身上的商人气息十分浓厚，现在看来还是可以利用的。只要大明抓住机会发展水师，官军水师对王直的船队构成压倒性优势，王直绝对不敢起什么异心，能够为大明所用。
对于倭国，朱载坖也详细向嘉靖阐述的自己的看法，倭寇出产黄金
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