被分成了数十个大大小小的战团。
在二次建军完成后，以庄森为首所有的帝国军队离开泰拉星系，前往银河各个地方清理着叛乱，对曾经宣誓效忠荷鲁斯的行星进行大肃清。
期间星汉也将超空间引擎送了过来，这种引擎是专门为了超空间而制造出来的，不过因为灵能导航者家族和部分顽固派的机械神甫的影响，许多帝国现役战舰别说超空间引擎，就连跃迁引擎都没有换装，气的庄森想要拿剑劈死这群玩意。
最后只有星汉海军舰队和帝拳、暗黑天使、午夜领主一系的战团直接换装了超空间引擎，他们原先就是使用跃迁引擎的。
而部分的阿斯塔特直属战舰，以及部分原体们能够影响的帝国海军可以先行换装跃迁引擎，然后再慢慢改装超空间引擎，毕竟要换装超空间引擎需要对战舰的整体布局进行大改动，而现在战舰数量太多工程量很大，需要慢慢规划。
大肃清行动正在进行，圣吉列斯、基里曼、多恩，他们三个坐镇泰拉主持政务，本来多恩是想率军出征，与佩图拉博一决生死的，但是被大天使拉住了。毕竟他虽然被帝皇任命为帝国元首，但是他处理政务的能力，明显不如基里曼和多恩。
…………
百年的大肃清发生了很多很多的事情，首先作为帝国军事总指挥，帝皇的第一子的狮王庄森，在清理完大部分背叛了人类帝国的星球与世界后，带领大军回了一趟暗黑天使军团的母星卡利班。
没有人知道狮王回去后发生了什么，只知道狮王总管考斯?韦恩向泰拉报告：狮王受到叛军袭击沉睡于静滞立场中。
白疤之主可汗曾经去过卡利班看望自己的兄弟，他发现了什么，但是他没有说出来。随后接过庄森的担子和狼王鲁斯一起，率军将剩下的星球平定后，就回到了母星乔格里斯。
在某一天可汗带着一批白色疤痕的精锐老兵离开了母星，再也没有回来过。
而狼王也一样，在结束一次远征之后，在芬里斯上他和自己的子嗣，开了一次盛大的宴会，并且在宴会中将太空野狼军团拆分完毕。
没过多久狼王就带着自己的狼卫，驾驶着一艘战舰离开了芬里斯，从此之后太空野狼，以及其分出来的子团改变了自己的作风，他们放下了作为阿斯塔特的傲慢，能够与普通人打成一片。
他们宣誓将响应每一个世界星球的求助，并且每隔一段时间就联合起来，一起展开名为狩猎远征的行动，来寻找他们的原体鲁斯。
科拉克斯在自己的军团恢复到一定的程度之后，将自己监察的职责交给了暗鸦守卫的战团长，然后他就孤身一人离开了。在恐惧之眼驻守的阿斯塔特战士曾经目击过他，随后就再也没有消息了。
科兹是最明白为什么一个个兄弟会消失的，陈申在开辟超空间之前，就对他留了一些话。告诉了他一些未来的事情，再加上他自己也拥有预言能力，大部分事情他都知道的八九不离十。
自己义兄要待在超空间里无法干预现实宇宙。而帝皇也陷入了沉睡，所以无人庇护的他们必然被混沌诸神针对，
庄森直接被算计的沉睡，可汗和鲁斯应该是帝皇的后手，而科拉克斯觉醒了本质，只要他想跑有着帝皇力量的守护，就算是诸神也抓不住他。
而大天使和基里曼，沃坎还有多恩在泰拉上，受到帝皇的力量的辐射庇护程度最强，毕竟帝皇只是沉睡了，不是死了。泰拉就在他枕头边上，混沌诸神搞点小动作是没什么，但是想要算计原体的话，就会瞬间惊动帝皇沉睡的意志。
不过科兹也不怕被诸神针对，他的义兄给他留下了后手，执掌消除权柄的彩色之龙和时空权柄的金色之龙会对他进行庇护。即使诸神亲自出手，金龙也可以打开与超空间短暂连通的通道，让在超空间里的义兄可以短暂干预现实宇宙帮助自己。
自己背负着帝国大法官的责任，父亲希望自己维护人类帝国律法，义兄也希望自己维护帝国法律的行为，能够为更多的人类带来帮助和公正。
那是义兄曾经的理想，是他曾经想要做的事。但是现在人类最需要的是安全的超光速航行的方法。所以义兄希望自己能够替他去履行那个理想。所以自己也不会逃避。
所以他在荡平叛乱者后，就带着自己的子嗣在银河间审判罪人，无论是行星总督贵族，还是底巢帮派混混，帝国军队成员，政务员，机械教，阿斯塔特。只要犯下罪恶那么就会受到午夜领主或者其子团的公正审判。
多恩还是没有忍住佩图拉博的挑衅，召集了帝国之拳的诸多子团，与佩图拉博一战之后就消失了。他的子嗣们只找到了他的手臂，他最心爱的子嗣：黑骑士西吉斯蒙德，则率领着黑色圣堂远征战团开始了永恒的远征行动。
现在的人类帝国主事的原体就剩下四位，除了科兹常年在银河中奔跑以外，大天使和基里曼基本都在待在泰拉之上。
因为不允许使用人工智能，没有像星汉那里有帝国中枢和阿尔法枢纽，基里曼不得不拉出几千极限战士，加上设立的那些高领主们来一起处理那无穷无尽的事务。
而沃坎在星汉的星环世界里，和星汉各个学派合作一起培养科研学者，构筑科研体系。这里是陈申的地盘核心，所以沃坎在这里不会受到四神的影响与针对。
别看人家沃坎，看起来像是一个武斗派的大老黑，其实人家在原体中也是正儿八经的技术员。拥有的知识和开发能力远超一般的机械教成员。
千百年过去，依靠着原体们强硬的推行态度，逐渐换装的跃迁引擎和超空间引擎，让帝国大部分舰船都摆脱了亚空间。
期间帝国还诞生了以帝皇为神的国教，但是不同于原先的时间线，现在的国教教宗虽然进入了高领主议会，但是一直被原体们压制着，而且国教教宗只有旁听议事权，没有对帝国事务的决定权。
超空间航道的开辟，也让帝国行政部门可以直接管理诸多世界，也能调动无数世界的资源，至少在帝国直属的星球上，饿死人的事情毕竟少见。
唯有十分偏远，资源稀少的星区，因为行星总督以及贵族，对于帝国人民残酷压迫，才会发生一些动乱。不过这些贵族们基本会被午夜领主们审判。
一切都是那么岁月静好，好似只要帝国慢慢发展下去，就能超越黄金时代。
但是在这充满牛鬼蛇神的银河系，永远都充满意外。
曾经的兽人帝国的首都，乌兰诺星球上。一个十几米高，身上穿着厚重铠甲的绿皮兽人高声大吼：
“wAAAGh”
下方无数的兽人大只佬也一起大声吼着；“wAAAGh”
可以清晰的看到，巨大兽人的背后太空中，有数个巨大的如同星辰一般的构造物。
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