火箭队的行动。但是，火箭队三人组却不知道这一点，他们以为自己已经得手了。利用多边兽进入到了宝可梦传送系统的世界里,他们在这里利用多边兽的能力篡改数据，拦截了大量训练家传送的宝可梦。
“如果现在启动补丁包的话，火箭队三人组和多边兽就会被当成病毒被消灭，再也回不来了！”就在这时，秋叶原博士告诉小智一行人，如果直接修复系统，火箭队三人组可能会一同消失。
“麻烦就没有其他办法了吗？”雨轩虽说不是什么好人，却也不愿意三条生命就此消散，所以询问是否有其他的解决方案。
“我这里还有一只多边兽试验机，我可以用它将人传送进去，只要找到他们，并带回来就行了，不过你不行，多边兽你的超能力太高，虚拟的数据世界承载起来有压力，可能会导致系统世界的崩溃。”
“那就让我去吧！”小智此时自告奋勇道，于是，他决定取一种特殊的方法，将小智和另一只多边兽一起传送进了系统世界。在这个充满未知和危险的世界里，小智和多边兽并肩作战，历经重重考验，终于找到了火箭队三人组的藏身之处。
“火箭队，你们快住手，快跟我出去！”
“出去？等我们将这些宝可梦都收下，我们自然会出去的！”
交流无果，只能用武力解决问题。在一场激烈的战斗中，小智成功地将火箭队三人组带出了系统世界。但是，当他们回到现实世界时，却发现整个研究所都已经被爆炸给毁掉了，只剩下一片废墟和残垣断壁。
“虚拟世界是会影响到现实的！”面对这样的结果，秋叶原博士感到无比的惋惜和遗憾。他告诉小智一行人，虽然这次损失惨重，但他相信，只要他们继续努力，一定能够重新研发出更好的宝可梦传送系统。
“秋叶原博士，我们相信你！我们会帮助你的！”小智一行人也坚定地表示，他们会一直陪伴在秋叶原博士身边，共同面对未来的挑战。
在废墟之上，小智一行人和秋叶原博士重新开始了他们的研究工作。他们相信，只要团结一心，就没有什么困难是无法克服的。
随着时间的推移，小智一行人和秋叶原博士的努力下，终于得到了回报。他们成功地研发出了，用于修补宝可梦传送系统漏洞的补丁包，完美解决了之前的问题。
宝可梦中心再次恢复了往日的繁忙和活力，宝可梦的训练师们又可以自由地使用宝可梦传送系统，与远方的朋友们分享他们的冒险故事。而小智一行人也继续他们的旅程，他们知道，在宝可梦的世界里，还有更多的冒险等待着他们去探索。而这段经历，也成为了他们人生中难以忘怀的一段回忆。他们学会了如何在困境中坚持，如何在挫折中成长。他们知道，只有不断地探索和创新，才能为宝可梦的世界带来更美好的未来。
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