忍者的出现，很可能与三战前被叫停的某个试验有着千丝万缕的联系，而这个试验，或许正是团藏一直秘密进行的。
猿飞日斩并没有立刻采取行动，而是进行了深入的调查和分析。他利用自己的情报网络，逐渐拼凑出了这个阴谋的全貌。团藏一直在秘密进行这个被叫停的试验，大蛇丸，作为这个被揭露的恐怖试验的负责人，对待生命的态度令人震惊。他不仅对参与试验的无辜者生命漠不关心，甚至在自己的实验中，也将生命视为可消耗的资源，毫无尊重和敬畏之心。大蛇丸用冷酷的眼神观察着这些生命的挣扎和消逝，仿佛这一切都只是他追求科学进步的必经之路。
猿飞日斩不愿相信这样的事实，那个他曾经最看好的弟子在上次战争之后有了严重的心理创伤。几个月后，猿飞日斩决定亲自带队行动。他带着一队暗部忍者组成的队伍，进行了周密的计划和准备。他们悄无声息地走入了秘密实验室，然而，当他进入实验室后，却发现大蛇丸正在进行着令人发指的人体实验，猿飞日斩看着现在的大蛇丸，心中充满了悲痛。不过关键时刻，日斩还是心软了，大蛇丸逃过一劫。
为了弥补自己的心软，于是三代派出暗部继续追捕大蛇丸，但差距实在太大，即使冷酷的卡卡西也被大蛇丸的杀气吓住了还好大蛇丸体力不足没有杀他，不过卡卡西和甲也结下了友谊。大蛇丸叛逃木叶的追捕，并在次年从木叶和土之国的战争里招聘了平民天才药师兜
木叶53年，岩隐与木叶的战争如火如荼地进行着。兜，作为一名出色的间谍，在这个时期发挥了关键的作用。他如同原着中一样，最终杀死了院长，这一行动彻底改变了他的命运。在经历了深深的内心挣扎后，他决定跟随大蛇丸，步入一个全新的世界。
而在三年后，佩恩也完成了他的复仇，成功击杀了半藏，晓组织也从人才市场招聘了绝，角都，蝎等人，处于极度缺人状态。在这样的背景下，大蛇丸打听到了晓，通过让兜卧底蝎的手下引出晓。
大蛇丸看中了佩恩拥有的轮回眼，那是他梦寐以求的力量。大蛇丸决定夺取这股力量，但在佩恩面前他毫无还手之力，他震惊于这股力量的深不可测。为此他打算加入晓组织，筹谋合适的机会再夺取这双眼睛。然而，长门对大蛇丸这种恶棍没有什么好感。他深知大蛇丸的野心和残忍，对他的加入持保留态度。但是，晓组织目前确实缺人缺钱，而且暂时除了赚钱找人没有什么任务需要执行，把大蛇丸这种可能影响到未来计划的家伙还是留在身边看着比较好，所以长门也就没有拒绝大蛇丸的加入。
大蛇丸加入晓组织后，被授予戒指代号空，与蝎组成二人小队。但现在并晓并没有特殊任务，招人赚钱，对于这种无聊得任务不管他还是蝎这两个渴望永恒得存在都不感冒。他利用这个机会暗中观察晓组织的运作和成员的能力，同时也利用晓组织的资源来研究自己的不尸转生。
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