于花族人之前占领的星球因为环境不太符合花族人生活习惯，再加上常年资源消耗，最终因为能量被消耗完毕成为一个将要死亡的星球。
有一天花族人收到远在几千万光年传过来的其他文明特殊信号，通过它们翻译后得知在银河系边界处有一颗非常适合木系生物体居住的星球，而且那里有一群刚进化为初级智慧种族的碳基生命，花族人分析出那里的智慧生物基因非常适合成为它们的养分，于是通过剩余能量利用虫洞穿越科技技术前往这颗科技落后的星球。
当它们以王者之姿出现在人类面前时，人类的科技武器对那些恐怖的蜘蛛怪物没有任何用处，木神星所有军队经过反抗一段时间后终于被花族人击败，之后许多奇怪巨型植物依靠蜘蛛怪不断繁殖在木神星各个大陆之上，蜘蛛怪同时还大量捕获人类给到那些植物作为养分使用，成熟后的那些比参天巨树还高的奇怪植物会长出一朵巨型红色花朵，这些花朵会不断散播奇怪气味的红色花粉，而这些花粉会通过传播来改造这个世界环境，最后让这个世界变得适合花族人生存。
最恐怖的是另外有一些特殊体质人类会被蜘蛛怪包裹在腹部之中带到宇宙里的月神星之上，因为现在木神星暂时还不适合花族人生存，目前花族人将它们的宇宙飞船家园号停靠在月神星背面。
当蜘蛛怪将人类抓到家园号后，本体就像一朵巨型食人花的花族人会将这些人类包裹进它们花朵内部进行融合变成新的物种。
大部分被无情抓来的人类会因为融合失败化成液体成为花族人所需要的营养成分，吸收营养成分的花族人会继续生产出更多的蜘蛛怪去帮助它们抓捕更多人类回来。
因为花族人之前吸收过一个硅基类种族基因，所以在融合方面会对碳基生命进行强烈的排斥性，但有极少部分人类可以通过适应这种硅基基因改造，最后改造后的人类同样会变成拥有半碳基半硅基的全新生物物种，而且这些新物种的实力都会非常强大，连强大无比的蜘蛛怪都不是他们一合之敌，这就是生物机甲骑士的来由。
当准备融合人类被进化后得新身体时，此时的花族人会放弃自己原有身体，在生物机甲骑士完成之前它们会变成一只小蜘蛛附着在人类大脑中枢神经之中，这样它们就能抹杀原有宿主意识而真正掌控这具躯体。
星际破坏神二的第一个难处就在于玩家会体验一波被花族人融合的痛苦过程，而且这个过程还需要玩家在后面自己一个人努力反抗并且成功反杀花族人本体，当玩家摆脱花族人意识侵占后，玩家才可以从巨大花朵内部逃脱出来。
出来后的玩家还因为没有进化完成，这具羸弱的身躯只能保持初级的一级虚弱状态，玩家一边保持这种虚弱状态一边还要逃避那些围追过来的巨型蜘蛛怪兽，这样的天崩开局直接就能将大部分玩家给困在这里久久无法通关。
当逃出花族人的宇宙飞船后，只有一级虚弱形态的玩家们需要在十天内摆脱并且击杀一定量的蜘蛛怪，最后还要杀死蜘蛛怪后从它们体内获得一颗名为生物能量晶石的物品，这些物品是可以帮助玩家摆脱一级虚弱状态，让生物机甲骑士重新进入成熟期状态，只能说这样的剧情真的是将人类放在九死一生的场面，如果这种剧情放在其他游戏中，估计玩家早就把制作公司喷个狗血淋头，狠一点的估计还会给设计师寄刀片。
还好这样的体验内测玩家已经体会过一遍，内测刚开始还有挺多玩家还停留在月星基地与蜘蛛怪大战没有回到木星，也有少部分玩家在脱离花族人控制顺利获得物品升级后回到自己的游戏仓库之中。
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