他罢官去职之后，穷得连请医生抓药的钱都没有了。此时，曾经深爱他的妻子王氏也离开了他。
公元1588年，戚继光贫病而死。朝廷得知他的死讯后，没有给予任何抚恤和祭典。他能诗善文，曾写过一首五律《韬钤深处》抒发壮志报国的热血情怀：
小筑惭高枕，忧时旧有盟。
呼尊来揖客，挥麈坐谈兵。
云护牙签满，星含宝剑横。
封侯非我意，但愿海波平。
就在戚继光停发退休金的那一年，朝廷上演旷日持久的国本之争。
太子者，国之根本也。所谓国本之争，是指皇长子朱常洛与三子朱常洵的太子之争。
明神宗极为宠爱郑皇贵妃，于是打算立其子朱常洵为太子，但李太后和朝廷大臣却执意拥立朱常洛。
朱常洛的生母王氏本是慈宁宫宫女。有一次明神宗到慈宁宫向太后请安时，因太后不在，他一时兴起宠幸了王氏。
只此一次，王氏便怀孕了。李太后知悉后，想起自己当年当宫女时的辛酸，对王氏深表同情，于是请明神宗封王氏为恭妃。
公元1586年，首辅申时行上疏，请求册立朱常洛为太子。明神宗以他年龄还小为由推托，示意过两三年后再说。大臣们怀疑他要废长立幼，纷纷上书请求册立东宫。
明神宗不愿面对朝臣一致的反对之声，开始不再临朝听政，转而沉迷六宫佳丽之中。
他的消极对抗态度，使事态愈演愈烈。百官集体要求册立太子，否则就集体辞职。明神宗无奈推说等朱常洛十五岁时册立，之后又延期至二十岁时举行册立大典。
习惯当和事佬的首辅申时行先是与大臣联合上疏反对，后又悄悄向明神宗表明心迹。此事曝光之后，申时行名誉扫地，只得灰溜溜地辞职返乡。
这次立储之争前后持续十五年之久，在李太后的强势干预下，明神宗被迫让步，立年已二十的朱常洛为太子，朱常洵为福王。
十五年纷争之中，无数大臣被斥、被贬、被杖打。这场国本之争，使申时行、王家屏、赵志皋、王锡爵等四位内阁首辅被逼辞职，先后有一百多名官员被罢官、解职或发配充军。
明神宗也被搞得心力交瘁。他贵为天子却身不由己，从此开始懈怠朝政。此后三十年间，他始终不出宫门、不理朝政、不郊、不庙、不朝、不见、不批、不讲。据说新入内阁的辅臣从来没见过皇帝长什么样，他们每日枯坐朝房一筹莫展，只能靠着数太阳影子的长短来打发上班时间。
明廷就此陷入空转。公元1602年，南北两京共缺尚书三名，侍郎十名，各地缺巡抚三名，布政使、按察使六十六名，知府二十五名。
诡异的是，明神宗虽然不上朝，但他在位四十余年间没有宦官之乱，没有外戚干政，也没有严嵩这样的奸臣。甚至就连朝廷党争也有所收敛。
但是，深受明神宗信任的辽东总兵李成梁渐渐腐化堕落，他不仅谎报军情，骗取军功，同时有意偏袒满族人努尔哈赤，最终导致满族入主中国。难怪《明史》断言：明之亡，实亡于神宗。
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