兵出征，但此时郑芝龙早已暗中投降清军，使得清军得以长驱直入，直逼福建。
隆武帝在逃跑途中被清军所杀，隆武政权也随之灭亡。郑芝龙投降清朝之后，他的儿子郑成功选择退守金门，并坚决拒绝投降清朝。此后，郑成功开始在沿海地区广泛招募士兵、收集失散的部队并募集兵力。
1646年，隆武帝朱聿键死后，明神宗朱翊钧的孙子朱由榔被拥立为皇帝，即永历帝。永历政权正式建立。同年，隆武帝的弟弟朱聿鐭在广州被拥立为皇帝，建立了绍武政权。然而，这个政权仅存在了短短四十余天，便与永历政权相互攻击和征伐。此时，清军趁虚而入，攻占了广州，朱聿鐭最终选择自杀，绍武政权宣告灭亡。
1647年，大西政权的领袖张献忠因为部下的叛变而遭受重创，导致清军攻破了他的大本营。张献忠身受重伤，最终不幸离世。张献忠死后，大西政权的将领孙可望等人率领军队南下，并与永历帝联手共同抵抗清朝。同年，桂王朱常瀛向各路大军表达了不愿意偏安一隅的决心，他开始积极准备收复失地。
仅仅半年时间，福建多地就被成功收复，清朝在福建的统治已经到了崩溃的边缘。然而，就在明朝复兴形势一片大好的时候，南明朝廷内部的争斗再次爆发。一些人企图架空朱一海，以获取实际权力。他们排斥异己、残害忠良、擅自杀害大臣，导致鲁坚国军队的战斗力大幅下降。之前攻占的地区又被清军夺回。
1651年，清军攻破舟山，鲁王朱以海逃往金门，并被迫取消了建国的名号。最终，他在金门病逝。1652年春天，清军大规模进攻贵州和川南。李定国发起反击，率领八万大军出征广西，攻克桂林，继而攻入湖南和广东。清廷的定南王孔有德战败自杀。随后，李定国又在杭州击败了清朝王爷尼堪，这场战役被称为“两撅明王”。
两撅明王天下震动，抗清斗争再次出现高潮。然而，就在这个关键时刻，孙可望与李定国之间的矛盾爆发了。孙可望嫉妒李定国的功劳和地位，阴谋策划杀害他。双方开始不断互相攻击，战争一触即发。
1657年，孙可望亲自率领10万大军，向李定国的3万人发起进攻。但是，由于许多将领不愿意参与内战，纷纷倒戈相向，孙可望的10万大军瞬间崩溃。这场内战让抗清力量受到了严重的削弱。
1658年，孙可望叛变投降清朝，清军趁机占领了贵州和广西。这使得明朝的形势变得更加危急。
1659年，清军分三路南下，永历帝在十二月被迫逃往缅甸。明朝的统治已经摇摇欲坠。
而在另一边，郑成功也面临着巨大的压力。他曾先后进行了三次北伐，但都遭到了清军的重创。尽管如此，他仍然坚持抵抗，希望能够恢复明朝的统治。
郑成功决定攻下台湾， 3月23日 ，郑成功亲率大军， 从金门攻打台湾的荷兰侵略者。 郑成功采取正面进攻加围困封锁的策略， 继沉了战舰科克伦号 ，捕获小艇三艘 ，战败的荷兰军开始仓皇逃跑 。在被围困近九个月后，荷兰殖民者因弹尽粮绝、大势已去，不得不选择投降。双方代表签订《郑和协议》，郑成功终于如愿以偿地收复了台湾。
收复台湾后，郑成功将其视为抗清的一个长久基地，希望能够以此为据点，继续与清朝对抗。为了实现反清复明的心愿，他开始倾尽全力着手各方面的建设，包括开垦荒地、兴修水利、发展农业等，致力于把台湾打造成一个繁荣的地方。
然而，命运无常，郑成功在台湾仅仅待了一年便与世长辞。他的离去给郑氏家族带来了巨大的冲击，也让台湾的局势变得扑朔迷离。此后，由于郑氏家族内部的权力斗争以及清朝的不断攻打，郑成功的孙子郑克爽最终选择了向清朝投降。至此，明郑政权宣告灭亡。
与此同时，1662年，吴三桂率领军队进入缅甸，将永历帝朱由榔押解回了云南。不久之后，永历帝朱由榔被绞死，南明政权也随之覆灭。
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