在宗教上，岛屿变得完全罗马天主教（需注意的是，在1054年之前，归属于教皇和君士坦丁堡宗主的教会属于同一教会）；诺曼征服前，西西里是东正教宗主辖下的地区。
1098年，教皇英诺森三世（pope I III）任命罗杰一世为教皇特使，罗杰一世创建了多个天主教主教区，同时仍允许建造12个讲希腊语的修道院。
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在诺曼底豪特维尔王朝衰亡一百年后，最后一位直接后裔和罗杰二世（Roger II）继承人的康斯坦斯（stance）嫁给了亨利六世（henry VI）皇帝。
这最终导致西西里王冠传给了来自施瓦本（Swabia）的霍亨斯陶芬王朝（hohenstaufen）。
霍亨斯陶芬王朝最后一位统治者，康斯坦斯的独子腓特烈二世（Frederick II），是中世纪最伟大、最有文化的人之一。
他母亲的遗愿请求教皇英诺森三世（pope I III）承担对他儿子的监护。
在四岁时，腓特烈在巴勒莫（palermo）被加冕为西西里国王（King of Sicily），时间是1198年。
腓特烈没有接受系统的教育，而是被允许在巴勒莫的街头自由活动。
在那里，他学会了许多听到的语言，如阿拉伯语和希腊语，并了解了一些犹太社区的知识。
十二岁时，他解雇了英诺森的代理摄政，接管了政府。
十五岁时，他娶了阿拉贡的康斯坦斯（stance on），并开始寻回帝国皇冠。
随后，由于穆斯林的叛乱，腓特烈二世摧毁了西西里残存的穆斯林势力，估计有六万人，1221年至1226年间将其迁往阿普利亚（Apulia）的卢切拉（Lucera）。
霍亨斯陶芬王朝与教皇之间的冲突导致1266年教皇英诺森四世（pope I IV）加冕法国王子查理（charles），即安茹（Anjou）和普罗旺斯（provence）的伯爵，成为西西里和那不勒斯（Naples）的国王。
由于法国官员的虐待和征税，西西里的当地人民强烈反对法国统治，导致1282年爆发了被称为西西里晚祷（war of the Sicilian Vespers）的起义，几乎全岛的法国人口都被杀光。
在战争期间，西西里人寻求阿拉贡的彼得三世（peter III）支持，彼得是最后一位霍亨斯陶芬国王的女婿，但被教皇拒绝。
彼得成功控制了西西里，而法国仍然控制着那不勒斯王国。
1283年8月，教皇马丁四世（pope martin IV）发起了针对彼得三世和阿拉贡王国的十字军东征，但失败了。
战争持续到1302年卡尔塔贝洛塔（caltabellotta）和平协议的签订，该协议承认彼得的儿子腓特烈三世（Frederick III）为西西里岛的国王，而查理二世（charles II）则被教皇博尼法斯八世（pope boniface VIII）承认为那不勒斯的国王。
西西里被霍亨斯陶芬王朝的亲属独立统治直到1409年，之后成为阿拉贡王国的一部分。
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