局认为奥斯丁是温和派可以缓和当时的局势。但奥斯丁在墨西哥城的经历让他彻底改变了他对墨西哥的态度，成了一个坚决的主战派。
奥斯丁被任命为德克萨斯保安委员会主席，在一八三五年十月的全德克萨斯大会上，奥斯丁主张德克萨斯必须完全独立。同月，德克萨斯临时政府成立，亨利史密斯为德克萨斯总督，奥斯丁为德克萨斯总司令，休斯顿为东德克萨斯总司令。
奥斯丁自知自己不谙军事，请辞总司令并被派往华盛顿求援。十一月初，休斯顿被任命为德克萨斯总司令。
这个时候的休斯敦再不如年轻的时候一样莽撞，他开始成熟起来。他认为要慎重作战。决不可以乘匹夫之勇，必须等待时机以智取胜。
但休斯顿的部下认为他胆小无能。同年十二月，竟然有三百名士兵在本米伦的带领下冒然进攻阿拉莫城堡，侥幸获胜，一千多守军投降。阿拉莫城堡易手，休斯顿意识到圣安纳一定会派兵报复，决定从阿拉莫城堡撤兵。
一时的胜利，让德克萨斯军队忘乎所以，以至于没人听命于休斯顿。为此，休斯顿被迫回家休假。阿拉莫城堡留下了将近二百名士兵在屈维的率领下，负责保卫阿拉莫城堡。圣安纳率领六千士兵于一八三六年二月对阿拉莫城堡进行围攻。阿拉莫城堡的德克萨斯军队进行了顽强的抵抗，二月底，终因寡不敌众，阿拉莫城堡被攻陷。为了报仇，墨西哥军队杀死了阿拉莫城堡的所有美国人。这一屠杀大大地刺激了德克萨斯人和美国人。紧接着，在三月一日，德克萨斯议会在华盛顿（徳州地名）开会，宣布德克萨斯独立。休斯顿再任德克萨斯总司令，休斯顿手里终于有了一支一千四百人的队伍。休斯顿再次要求哥利亚的德克萨斯军队避免同墨西哥军队开战，哥利亚守军首领帆宁不听，三月底凡宁被迫投降。
休斯顿在圣哈辛托战役
四月，德克萨斯全国会议再次致书休斯顿，要求他即刻开战。但休斯顿头脑很冷静，他知道敌众我寡，只能智取，不能硬来。在圣安纳孤军深入到圣哈奇托湾时，休斯顿直取圣哈奇托湾的战略要地林奇渡，在那里布下重兵，等待圣安纳的到来。休斯顿熟知墨西哥人有睡午觉的习惯，就在对方午睡时发起了攻击。对方仓促应战，战斗异常激烈，休斯顿身中三枪，一直坚持指挥，直到战斗结束。墨西哥军队大败，死伤一千多人，而德克萨斯方面仅三人受伤，二人死亡。圣安纳随败军逃亡，第二天被抓。
1836年9月，休斯顿当选为得克萨斯共和国第一任总统，得克萨斯共和国法律规定总统不得连任。休斯顿又当选为第三任总统（1841-1844）。在休斯顿担任总统期间，他全力使德克萨斯能够加入联邦。他很清楚，墨西哥是一定要夺回德克萨斯的。但因为德克萨斯实行奴隶制，美国国会内的北方议员，为了平衡国会内的南北势力，强烈反对德克萨斯加入联邦。并且，还有一个非常好的理由：如德克萨斯加入联邦，势必引发美国同墨西哥之间的战争。尽管安德鲁杰克逊一向支持德克萨斯加入联邦，但在其总统任期内，也不敢公开表示赞同。
但是，作为一直以美国人自居的休斯敦深知，站好自己的最后一班岗，是他必须要做的一件事情。
休斯敦是一个很爱惜羽毛的人，坏人，就留给詹姆斯诺克斯波尔克去做吧。
休斯敦的情结，对墨西哥政府和人民，是一场噩梦，曾经，对穿越众来说，也是一个极大的阻力。但是，如今听了冈萨雷斯的这一番解释，赵文礼暗暗揣测，或许，他们可以走一条同历史截然不同的路。
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