第20章 基因
这个问题远没有这么简单。基因组学发展到今天，围绕它的讨论和争议，从结构和功能基因组学，到生命进化，一直到哲学，甚至到学术资源政治版图的划分，可以写上一个很有趣的故事。
存在即合理。
这个没错。
但是，存在即有用吗？譬如我们的阑尾和智齿，它们用处不大，麻烦不小，更多地是人类进化过程中留下的遗迹，绝非什么宝贝。
人类基因组中98.5%的非编码序列，也要辩证地来看。
早在20世纪六七十年代，人们就开始把非编码序列称为“垃圾DNA”了。
然而人们很快就发现，不少非编码序列跟基因的转录调控密切相关。
垃圾并不垃圾，生命也绝非仅有中心法则。
那么非编码序列中都有些什么好东西呢？教科书中经典的非编码DNA元件，如启动子和增强子，可动遗传因子，还有具有生物活性的小RNA。
分子生物学发展的早期，科学家为了窥破生命这一黑箱，所设计的精妙绝伦的生物化学实验，实在令后生拍案叫绝！
而在这高通量、大数据为王的新世纪，非编码DNA研究的主力毫无疑问是 ENCODE计划。
这是全球大规模合作的科研项目的典范，生物大数据的先驱。
全球数十个科研团队，用最新开发的高通量实验方法，系统地，全面地扫描人类和其他生物各种组织中所有非编码DNA的生物活性。
他们用的方法有ChIP-seq（检测染色质和蛋白质的相互作用），RNA-seq（把细胞里的所有RNA分子作为一个整体测序），DNase-seq（把染色质上对DNA酶敏感的区域，也就是结构较疏松较暴露的区域给测序），等等等等。
可惜当时还没有CRISPR，否则检测基因组区域的功能（不管编码非编码）是非常地合适（Canver et al.， 2017）。
现在人们已经开始跟进了。
2012年，ENCODE的研究成果集中喷发。
《科学》杂志社的评论家Elizabeth Pennisi总结道：“本周有三十篇论文在《自然》、《科学》等期刊上发表，宣告了垃圾DNA这一理论的死刑。ENCODE计划已经发现，人类基因组的80%是有用的。”
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