到了元代，白莲教的组织和教义都起了变化，戒律松懈，宗派林立。一部分教派崇奉弥勒佛，宣扬“弥勒下生”这一本属弥勒净土法门的宗教谶言。有的教徒夜聚明散，集众滋事，间或武装反抗元廷统治。至大元年(1308)，朝廷忌白莲教势力过大，下令禁止。仁宗即位(1311)后，曾恢复合法地位。但十年后英宗即位，活动又遭限制。因此，许多地方的白莲教组织对官府抱敌对态度。加之其信徒以下层群众居多，故当元末社会矛盾激化时，一些白莲教组织成为率先反元的力量。红巾起义领导人韩山童、刘福通、徐寿辉、邹普胜等都是白莲教徒，他们以明王(即阿弥陀佛)出世和弥勒下生的谶言鼓动群众，产生很大影响。
朱元璋当年就是参加了郭子兴的义军，征战多年，这才一步步的成为了这万里江山之主。
因此大明起初严禁白莲教。洪武、永乐年间，川鄂赣鲁等地多次发生白莲教徒武装暴动，有的还建号称帝，均被镇压。明中叶以后，民间宗教名目繁多，有金禅、无为、龙华、悟空、还源、圆顿、弘阳、弥勒、净空、大成、三阳、混源、闻香、罗道等数十种，有的一教数名。它们各不相属，教义颇多歧异，组织、仪轨和活动方式也不尽相同，有的甚至是互相之间互相借鉴的，或多或少地带有白莲教的印记。朝廷自然认为它们实际上仍是白莲教，民间也笼统地称为白莲教。
由于派系众多，信奉的神只极为繁杂，有天宫的玉皇、地狱的阎王、人间的圣贤等等；而最受崇奉的仍是弥勒佛。从正德年间开始，出现了对无生老母的崇拜，又有“真空家乡，无生老母”所谓八字真言。据称，无生老母是上天无生无灭的
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