朱由检以战时需要的名义决定成立大元帅府。
以原有的五军都督府为基础改组。
大元帅府设参谋本部、陆军部、海军部、财务处、总装备处、总政治处、总后勤处、总训练处等机构。
大明皇帝亲自任大元帅。
也是说大元帅府各附属机构统一向崇祯帝朱由检负责，不隶属于六部和内阁。
同时，十二个战区的指挥长官即总兵和总督也直接向大元帅府负责。
朱由检如此做便是要将军政分开，内阁统民政，大元帅府统军事，而兵部则担当两者之间协调的桥梁。
成立了大元帅府，接下来便是各战区指挥长官的任命。
朱由检将内阁七名成员带着一起来淮安府的重要目的，便是要撇开南京的官员，在淮安府直接组建从央大元帅府到地方总督总兵的指挥体系。
在成立大元帅府前，内阁和司礼监依旧是承接旨意政令下达的重要环节。
因而，朱由检在让内阁票拟、司礼监批红，下达自己成立大元帅府后，便直接以大元帅府令，宣布现有十二个战区总督总兵人选。
其。
山东战区，包括大明现控制的部分北直隶地区，户部尚书倪元璐改为右都御史任山东总督，由皇帝义妹、周遇吉之妻朱昭明任总兵官。
而周遇吉则调任淮扬任总兵官，协助朱由检训练近卫新军。
河南战区，则由吕大器由兵部左侍郎衔任河南总督兼总兵官，统辖河南军政大权。
河南乃四战之地，早已是民生凋敝，且无险可守，朱由检不放心让原本历史投降满清的许定国统辖总兵大权，便让吕大器直接兼领。
凤阳战区，则由李邦华直接以大学士之尊担任总督，而刘芳亮任总兵官。
内阁大学士可以兼领地方总督一职，但这也只能是朱由检的绝对心腹且必须是京畿地区，以便军政协调。
应天战区，以路振飞担任总督，御马监何新任总兵官。
淮扬战区自然是李明睿担任总督，周遇吉任总兵官。
如此，凤阳、应天、淮扬三个战区便俱是朱由检随扈南迁的嫡系。
苏淞战区，乃江南富庶之地，也是江南士绅集地，朱由检干脆让流贼出身的高杰任此地总兵官和总督。
这样，也算是避免江南士绅掌控军权。
毕竟高杰这样的人素来不被士大夫相容，如今朱由检偏偏让高杰驻守苏淞，无疑是有意恶心一下这些士绅。
湖广战区，朱由检只能名义任命左良玉为总兵官，何腾蛟为总督，但朝廷并没有多大的实际控制权。
江西战区，朱由检则让袁继咸任总督，黄得功任总兵官。
这样一来，黄得功的大军直接以调任为名义换防江西九江南昌一带，同安庆和庐州一带的刘方亮一起从东面和南面两个方向防备左良玉部。
云贵战区和两广战区，朱由检则一时不知该拟定何人选，便只能暂且搁置着。
浙江战区，重在防倭和福建郑芝龙海盗，朱由检便让曾在山东与周遇吉共事且也算是自己随扈南
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