五月底，吴绍霆从上海返回了广州，顺便还带回了广州起义时用来护送袁树勋逃跑的“广金”号。“广金”号到达厦门之后放下了袁树勋等人，立刻就起义北上了。这几个月一直与上海海军基地的官兵响应，几乎已经被编入了上海海军基地的序列。吴绍霆在上海这段期间碰巧遇到了“广金”号舰长，舰长是广东人，渴望返回故乡，吴绍霆也巴不得多一艘军舰巩固广州海防，遂与上海海军司令部、都督府进行谈判。
上海方面一开始及其不愿意放走“广金”号，军舰的价值大家都心知肚明。为此吴绍霆还与海军司令部大发脾气，在海军办公室摔了两次茶杯，同时还鼓动“广金”号官兵主动争取回归广州。
都督府对此这件事感到很无奈，最后迫于形势只好站在了吴绍霆一方，要求海军司令部放行。海军司令部是独立的机构，名义上遵从都督府，实际上则是自立门户。可尽管如此，双方面压力之下不得不妥协。
全国代表大会对于吴绍霆只是一次观光旅游，顺便讨到手一些政治资本。对于此次东行他感到很满意，哪怕只是与岑春煊、孙中山、伍廷芳等人的见上一面，都是十分值得的。临别前，宋教仁、蒋志清以及广东代表都到码头相送，这让吴绍霆感到了几分得意。
六月初，“广金”号和“广玉”号抵达广州港，广东革命『政府』与军部派人前来迎接，其场面比起上海临别的场面更加隆重，只差没有出动军乐队了。【】1908大军阀228
回到军部，吴绍霆听取了邓铿、李济深、何福光三人的汇报。这离去的这一个月时间里，广东全省的军务整编工作差不多接近尾声，只是未能入编的士兵、各级军事长官以及警察学校的事宜都还等待吴绍霆亲自批示。吴绍霆对三人的处理十分满意，正好他在上海春风得意了一番，于是不吝言语好好的称赞了他们。
在上海时，吴绍霆闲暇之余曾慎重考虑过新编第三师的人事任命问题，早已经有了一份草稿。如今加以短暂的酝酿即便可以执行。不过总得来说，这次是要提拔一批中下级军官了。
新编第三师下辖三个步兵团、一个炮兵营，步兵团序列为第七团、第八团、第九团。调第一团副团长孙继直为第七团团长，驻云浮。苏贡代替孙继直为第一团副团长。苏贡脾气暴躁，而韦汝骢是名声在外的人物，苏贡在其面前必然不敢造次。
李耀汉为第八团团长，第二团副团长徐少文调任第八团副团长，进驻江门；龙靓光代替出任第二团副团长。
第九团暂时找不到合适人选，吴绍霆不得不从参谋部调任下去。斟酌之后，他让许海英出任第九团团长，副团长暂时空缺，进驻肇庆。炮兵营营长则临时提拔许广为见习营长，暂时留在东校场。
新编第三师师部暂时未能组建，吴绍霆实在是找不到合适和信任的人担任师长，只好由军部直辖。
六月中旬，广州革命『政府』官员集体应孙中山之邀，北上前往南京任职。同一天南京临时『政府』正式任命吴绍霆为广东都督，由其负责组建新一届的广东军『政府』。
吴绍霆在胡汉民上船北去的当天下午，下令关闭华丽辉煌的『政府』会馆，将『政府』会馆归还给当初捐赠的华侨商人。这一举在广州引起了一阵热议，褒贬皆有，不过很快就淡忘下去了。新都督府设置在两广总督府旧址，广州参议院依然留在昔日的将军府。
新都督的上任必然要组建新的『政府』班子，吴绍霆改军事部制度为军事联席会议制度，他坐在了都督的位置，当然不会让任何人接替自己的旧职。军事联席会议设六个『主席』，分别由革命粤军三个师师长、参谋部正副参谋长以及参议院副参议长出任；次席若干，由师部、团部、参谋部高阶军官出席。
联席会议制度只是虚设，兵权自然只能由一个人来掌管。
新『政府』仿效临时『政府』
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