，并给予极高评价：“啊呀！你听我的命令。只有你才能贤明，意志坚毅果敢，你当武将，功绩我有所耳闻。往年那些凶丑不安宁，屡屡惊动疆场。你开拓疆土，平定乱军，功劳很大。因此根据奖赏典册，增加你的车服，提高你的官阶。去执行我的命令吧，你恭敬地接受这光荣的典册，能不谨慎谦虚吗？”不久，隋文帝调贺娄子干担任营建新都的副监，隋文帝任命他为工部尚书。
突厥再次侵犯边塞，贺娄子干以行军总管的身份跟随窦荣定迎击突厥。贺娄子于与窦荣定互相配合，前后呼应分路灭敌，重创突厥军，斩杀突厥军一千多名士兵。隋文帝重赏贺娄子干，并派通事舍人曹威犒劳三军。不久贺娄子干请求入朝，隋文帝让他沿驿道来见。
吐谷浑再次侵犯隋朝边界，隋朝西部边镇深受其害。隋文帝命贺娄子干出兵反击。四月，贺娄子干沿驿道到黄河以北，调发河西五州兵众深入吐谷浑境内反击，杀其百姓一万多人，二十天后返回。隋文帝见陇西屡受外族寇掠，很是担扰，西部边塞的居民没有依村而居的习惯，隋文帝命贺娄子干将居民集中到一起，建立村坞，作为防御的堡垒，开垦荒地种植农作物，以备不测。
贺娄子干认为不妥，上书说：“这里凶寇侵扰，我荡灭他们的日子，不是早晨就是晚上，请圣上不要担扰。现在我在这里，需要见机行事，不能完全按诏书办事。而且陇右、河北，地广人少，边境未安宁，不可能广泛地种田。我看屯田的地方，收获少而花费多，白花人力，最后还是被入侵者糟塌。屯田诸事，请都废除。但陇右百姓以放牧为生，如再聚居，他们会更加不安。只能严密侦探，岂容他们聚集人马？请让我在重要路口，加强防备。只要镇守之所相连接，烽火能够相望，百姓虽然散居，也没什么可担心的。”隋文帝于是采纳他的建议。不久，胡人侵犯岷州、洮州二州，贺娄子干率军抵御，敌军闻讯仓惶逃遁。
隋文帝知道贺娄子干熟知边疆战事，任命他为榆关总管，掌管十镇诸军事，隋文帝任命贺娄子干为云州总管。一年多后，隋文帝任命贺娄子干为方州刺史，当时边塞的胡人都很惧怕贺娄子干。数年后，突厥都蓝可汗阿史那雍虞闾派遣使节前来请降，并献上大批的羊马以示诚心。隋文帝任命贺娄子干为行军总管，出西北道前去接应。回来后，隋文帝再度任命贺娄子干为云州总管，还将突厥所献的马百匹、羊千口赐给贺娄子干，于是下诏书说：“自从你把守北大门，那里风尘不惊。突厥所贡献的羊马，还是赐给你。”
不久，贺娄子干的母亲去世，贺娄子干因守丧离职，但隋文帝以榆关是重镇，非贺娄子干镇守不可，不久便重新起用贺娄子干。贺娄子干因病在任上去世，时年六十岁，隋文帝为此伤心良久，赐他缣采千匹，米麦千斛，追赠他为怀州、魏州等四州刺史，谥号怀。其子贺娄善柱继承爵位，黔安太守。
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