自此朝野上下都忌惮他。
袁宪详悉朝廷典章，尤其通晓听讼断狱，如有案件未知实情而法官断案的，袁宪即使利用闲暇时间，也总替之上言，为很多蒙冤者昭雪。袁宪曾陪宴承香阁，宾客退席后，陈宣帝留下袁宪和卫尉樊俊移席山亭，边谈边吃持续了一整天，陈宣帝看着袁宪而对樊俊说：“袁家从来就出人才。”他如此被推重。
袁宪以自己久居清显之职，多次上表要求解职，高宗说：“其他人在职，屡有匿名信。卿处理事务多年，可称得上清廉，因才施用，且不必答谢。”十三年迁任右仆射，参掌铨选职官之事。在此之前袁宪的长兄简懿子为左仆射，到袁宪为右仆射时，朝内官员看见简懿叫大仆射，看见袁宪叫小仆射，朝廷以此为荣。陈宣帝病重，袁宪同吏部尚书毛喜一起受遗诏，始兴王陈叔陵发动叛乱，袁宪指挥部署，立了大功。
陈后主受伤病笃，握着袁宪的手说：“我儿尚小，后事托付给卿。”袁宪回答说：“众心所望，希望圣体早日康复，后事之旨，岂敢奉诏。”因功封为建安县伯，食邑四百户，兼太子中庶子，其他职务不变，不久任侍中、信威将军、太子詹事。
太子陈胤加元服，举行释奠之礼，袁宪于是上表请求解职，陈后主不许，给扶二人，晋号云麾将军，置佐史。皇太子颇不遵守典章制度，袁宪亲自上表劝谏共十条，皆援引古今之事，言辞恳切，陈胤虽表面上接受，而内心毫无悔改之意。后主想立宠姬张贵妃子始安王陈深为太子，曾从容言及此事，吏部尚书蔡征顺旨称赏，袁宪严肃地驳斥说：“皇太子乃国家继承人，万民归心。卿是何等人，随便谈论废立事！”不久，竟废太子为吴兴王。陈后主知道袁宪有规谏一事，叹曰：“袁德章确为刚正之臣。”即日诏命他为尚书仆射。
隋朝大举南下攻打陈，隋将贺若弼纵火焚烧宫城北掖门，宫门卫士全都逃散，朝内官员很快各自离去，只有袁宪卫侍左右，陈后主对袁宪说：“我从来待卿不厚于其他人，今日见卿，才知岁寒知松柏后凋之故。”陈后主惊恐不安想避开，袁宪严肃地说：“隋兵入侵，必无所犯，大局已定，陛下安然处之。臣希望陛下整理好衣冠，御驾前殿，依照梁武帝见侯景旧例。”后主不同意，便下榻而去，袁宪从后堂景阳殿入，后主投入井中，袁宪边拜边哭而出。
建康陷落，袁宪入隋，隋文帝任命他为使持节、昌州诸军事、开府仪同三司、昌州刺史。隋文帝诏令授官晋王府长史，去世时年七十岁，追赠大将军，追封安城郡公，谥曰简，其长子袁承家，在隋做官至秘书丞、国子司业。
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