受到的待遇甚至与正室不相上下，这让杨勇的母亲文献皇后独孤伽罗相当不满。杨勇的正妻元妃不得宠爱，气出了心病，没两天就死了，杨勇随即让云昭训主持太子宫。独孤伽罗认定是杨勇与云昭训合谋害死嫡妻，不但责备杨勇，又派人去暗察。
杨广知道母亲对兄长有不满，便假装自己没有什么姬妾，且只和萧妃厮守，于是独孤伽罗更讨厌杨勇，并对杨广的德行大加称赞。独孤伽罗每次抱怨云氏专宠、感叹元氏夭亡时，杨广也跟着痛心疾首，让独孤伽罗更加喜爱杨广，有意废黜杨勇的太子之位而立杨广为太子。杨勇为此感到害怕，却又没有办法，隋文帝知道他内心不安，便派杨素去观察他，结果杨素却故意激怒杨勇，使杨勇说出抱怨的话，从此隋文帝更怀疑他了。独孤伽罗与杨广等人都在观察他的一举一动，向隋文帝进谗言，加上杨勇多有埋怨之言语，隋文帝于是废杨勇为庶人，改立杨广为太子。
很多大臣都认为杨勇罪不至被废，而且废立太子是大事，但隋文帝不听，杨勇也自认罪不至被废，屡屡要求面见隋文帝，想要告诉隋文帝有关自己的冤屈，但都被皇太子杨广给拦下，无法达成他的心愿。情急之下，杨勇爬到树上，大声呼喊隋文帝，希望隋文帝听见后可以见他一面，杨素趁机向隋文帝进谗言说：“杨勇已经心神丧失了，被妖魔附身，魂都收不回来了。”隋文帝也这么觉得，因此杨勇终究无法与隋文帝见到面，杨素诬陷杨勇，方式与罪名也大都如此。
直到文帝卧病于仁寿宫时，皇太子与文帝姬妾皆随侍在侧，宣华夫人被太子杨广“无礼”之事，宣华夫人将此事告诉文帝后，文帝始知冤枉了杨勇，并大骂独孤皇后与杨广，派人召杨勇进宫，准备废杨广而复立杨勇为太子，但是此事被杨广拦截。随即文帝便暴崩，杨广即位，立即假拟文帝诏书，赐死杨勇，炀帝后来追封杨勇为房陵王，但是子嗣不得继承其位，全部流放济南，后来多数都被杨广杀死。
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