大学士在主持，然后交办给六部和地方督抚。
在张居正的时代、开始在私邸里办理公务，而且很少走正式的程序，都是由张居正任命的督抚写私信来，张居正以私信回复，这样绕过了内阁的同僚和司礼，少扯皮，多办事，这是张居正的人生信条，不过这样的做事办法也给了人攻击张居正擅权的理由，最少内阁私下被称为宰相，实质上只是皇帝的私人秘书，内阁大学士没有统驭六部的权力，只是在朝廷无数次的扯皮之后，内阁大学士可以兼任尚书，最少在名义上有了管理的权力而已，张居正连这一层关系也绕过去，他的行政效率当然高的可怕，十年间做了无数的事，可在张居正被万历清算之后，不论是张四维还是申时行都是主张还政于主上，就是说把高拱张居正时代内阁抢下来的权力再两手奉还，他们希望恢复天子治事，大学士从旁辅助的模式，而不是高拱和张居正那样的大权独揽。
但万历十五年后皇帝开始与群臣斗气，懈怠政务，早朝已经废弃多年，根本就没有朝会这一说，午朝也被取消，皇帝也根本不召见大臣询问政务，不要说那些小臣，就是很多六部堂官从头到尾没见过皇帝长什么模样的也大有人在，有的大学士从上任到卸任也没有见过皇帝，这在大明简直是骇人听闻的事情，可万历就是干的出来。
奏本也是经常不批，万历对不合心意的事情就是选择用“留中”的方式，也就是皇帝不赞同，也不反对，也不提意见，就搁在那儿，把奏折给“淹”了。
甚至除了几封有名的奏疏外，皇帝对辱骂自己的奏折也几乎不理，照旧“留中”了事。
很多后人说万历在深宫不理政务，大明运作正常，东南还十分繁荣，物价不高，除了三大征外天下太平，说明万历的掌控力高。
其实就是万历就是只做对了一件事：内阁要保持正常运作。
除此之外，皇帝关注的就是军国大政，也就是对大明和他的皇权有威胁的事情，他务根本不加过问。
这样的情形下，加上没有早朝，方从哲每天呆在内阁的时间也变的很短，如张居正当年做过的一样，很多事情方从哲只能在私邸解决，并且是通过非正常的渠道。
时人也理解方从哲的苦衷，所谓呕心沥血，不过如此。
门政上的赶到内宅小书房的时候，方从哲也正在同府中的管家说话，管家站着，在窗前还有一个青年也站着，脸上满是畏怯的表情，方从哲的右手处坐着一个四十岁左右的中年士绅，这是浙党的后起之秀朱大典，他刚从地方调任到京师，朝议可能叫他入都察院，要么就是担任给事中，不论是任何职，都是终南捷径，朱大典将来定然无法入阁，但也很可能位至六部堂官或是出任总督，巡抚，因为他官声好，能力佳，仪表谈吐都很出众，在浙党他已经是中坚力量，这样的官员是注定要升上去的。
朱大典穿着一件半旧不新的蓝色锦袍，腰间系着紫色丝线，头上是一顶天青色的贡缎折上巾，上面饰着一块碧如水的绿玉，脸上的神色倒是十分从容。
方从哲头上戴着一顶元青色的唐巾，并没有饰玉，身上则是一身天青色的道袍，腰间一根犀角带，身上的打扮也是普通士大夫的家居服饰，只是他为官多年，算是青年时就得志，现在又是宰执天下的首辅，身上自有一种常人很难企及的威严气度，他面色白皙，脸很清瘦，胡须留的很长，但并不厚重，完全不是当年张居正的那种满脸大胡子的美髯，这使得方从哲的气质显得飘逸，就算有什么为难之事，他多半也是一笑置之，多年的首辅生涯使得他遇事能波澜不惊……只是眼前的事是明显的例外。
“孽畜胡闹，真真是该死，该死！”
方从哲气的面皮发青，门政这时进来正听的真切，当下还还敢说话，悄悄侧身站着，打算等相爷把这阵的火发过去再说。
被斥骂的是方从哲的长子方世鸿，和所有的首辅家的儿子一样，是一个不折不扣的标准的纨绔子弟，有一个尚宝局丞的荫官，平时只知道走马章台，酗酒狎妓，因着方从哲的权势平素也无人敢惹他，纵有小过也帮他遮掩了，方从哲忙于国事，这个儿子也早就成年，已经娶妻生子，他自然也无法管束太多。
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